一部の相続人の遺留分を侵害する内容の遺産分割協議も民法上は有効ですが、その遺留分を侵害した部分の財産についてどのように扱われますか？

民法では法定相続分および遺留分を定めていますが、遺産分割協議における法定相続分と異なる分割を禁止しているわけではありません。遺留分を侵害される相続人を含む共同相続人全員の合意があれば、特定の相続人の遺留分を侵害する結果になっても問題ありません。

したがって、一部の相続人の遺留分を侵害する内容の遺産分割協議も民法上は有効です。
その遺留分を侵害した部分の財産についても相続税の課税対象となり、贈与税の課税対象とはなりません。