銀行が抵当権を持つ土地が競売により、買受人が所有者になった場合、買受人と銀行が共同で抵当権の抹消手続きをすることで、抵当権設定登記は抹消されますか？

買受人が代金を納付したときは、裁判所書記官は、買受人の取得した権利の移転の登記、売却により消滅した権利、売却により効力を失った権利等の登記の抹消を登記所に嘱託しなければならないとされています（民事執行法第59条第1項）。

銀行の抵当権は売却により消滅します。抵当権の抹消登記は、裁判所書記官が委託することになるので、当事者が申請する必要はありません。